ポケゼミ受講者へ。

パロモマイシンに耐性を付与するapVIII PCRカセットの情報を記載します。pGenD-MCS-aphベクターをPCRの鋳型として、
aphVIIIカセット領域をフォワードプライマーaph-F1、リバースプライマーaph-R3を用いて増幅しています。

またゲノミックPCRによるapVIII PCRカセットの検出には、全長よりも短い配列断片を検出するために
フォワードプライマーF-562、リバースプライマーR-563を用いて増幅しています。
以下のプライマー配列とベクターの配列をもとに、2種類のPCR産物の長さを推定してください。

<プライマーの配列>
aph-F1: GCTTATCGATACCGTCGACCT
aph-R3: AACACCATCAGGTCCCTCAG

F-562: AATTTCGAAGCATGGACGAT
F-563: AACACCATCAGGTCCCTCAG

<ベクターの配列(3,381 bp, 一部)>
赤文字: Hsp70ARbcS2のタンデムプロモーター(ARプロモーター)配列
青文字: RbcS2の5'-UTR
小文字: RbcS2のイントロン配列
下線: イントロン両末端の保存配列(GT-AG則)
黒太文字: aphVIIIのCDS(coding sequence)配列
囲み文字: スタートコドンとストップコドン

GAGCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGCTAGAACTAGTGGATCGATCCCACACACCTGCCCGTCTGCCTGACAGGAAGTGAACGCATGTCGAGGGAGG CCTCACCAATCGTCACACGAGCCCTCGTCAGAAACACGTCTCCGCCACGCTCTCCCTCTCACGGCCGACCCCGCAGCCCTTTTGCCCTTTCCTAGGCCAC CGACAGGACCCAGGCGCTCTCAGCATGCCTCAACAACCCGTACTCGTGCCAGCGGTGCCCTTGTGCTGGTGATCGCTTGGAAGCGCATGCGAAGACGAAG GGGCGGAGCAGGCGGCCTGGCTGTTCGAAGGGCTCGCCGCCAGTTCGGGTGCCTTTCTCCACGCGCGCCTCCACACCTACCGATGCGTGAAGGCAGGCAA ATGCTCATGTTTGCCCGAACTCGGAGTCCTTAAAAAGCCGCTTCTTGTCGTCGTTCCGAGACATGTTAGCAGATCGCAGTGCCACCTTTCCTGACGCGCT CGGCCCCATATTCGGACGCAATTGTCATTTGTAGCACAATTGGAGCAAATCTGGCGAGGCAGTAGGCTTTTAAGTTGCAAGGCGAGAGAGCAAAGTGGGA CGCGGCGTGATTATTGGTATTTACGCGACGGCCCGGCGCGTTAGCGGCCCTTCCCCCAGGCCAGGGACGATTATGTATCAATATTGTTGCGTTCGGGCAC TCGTGCGAGGGCTCCTGCGGGCTGGGGAGGGGGATCTGGGAATTGGAGGTACGACCGAGATGGCTTGCTCGGGGGGAGGTTTCCTCGCCGAGCAAGCCAG GGTTAGGTGTTGCGCTCTTGACTCGTTGTGCATTCTAGGACCCCACTGCTACTCACAACAAGCCCATATGGCCGGCGGATCCAGATCTAGACTCGAGGAA TTCGATATCTAACTGAGTAATTCTGGCAGCAGCTGGACCGCCTGTACCATGGAGAAGAGCTTTACTTGCCGGGATGGCCGATTTCGCTGATTGATACGGG ATCGGAGCTCGGAGGCTTTCGCGCTAGGGGCTAGGCGAAGGGCAGTGGTGACCAGGGTCGGTGTGGGGTCGGCCCACGGTCAATTAGCCACAGGAGGATC AGGGGGAGGTAGGCACGTCGACTTGGTTTGCGACCCCGCAGTTTTGGCGGACGTGCTGTTGTAGATGTTAGCGTGTGCGTGAGCCAGTGGCCAACGTGCC ACACCCATTGAGAAGACCAACCAACTTACTGGCAATATCTGCCAATGCCATACTGCATGTAATGGCCAGGCCATGTGAGAGTTTGCCGTGCCTGCGCGCG CCCCGGGGGCGGGGGGGGGACGGGTGGGGGGTAGGGGGTCTCACGGGAACAGCACGCTAGGGGTCAGGGGGGGGGGGGGGCGCAGTTTAGCTGACCAGCC GTGGGATGATGCACGCATTTGCAAGGACAGGGTAATCACAGCAGCAACATGGTGGGCTTAGGACAGCTGTGGGTCAGTGGACGGACGGCAGGGGAGGGAC GGCGCAGCTCGGGAGACAGGGGGAGACAGCGTGACTGTGCAATCAAGCTTATCGATACCGTCGACCTCGACGCTGAGGCTTGACATGATTGGTGCGTATG TTTGTATGAAGCTACAGGACTGATTTGGCGGGCTATGAGGGCGGGGGAAGCTCTGGAAGGGCCGCGATGGGGCGCGCGGCGTCCAGAAGGCGCCATACGG CCCGCTGGCGGCACCCATCCGGTATAAAAGCCCGCGACCCCGAACGGTGACCTCCACTTTCAGCGACAAACGAGCACTTATACATACGCGACTATTCTGC CGCTATACATAACCACTCAGCTAGCTTAAGATCCCATCAAGCTTGCATGCCGGGCGCGCCAGAAGGAGCGCAGCCAAACCAGGATGATGTTTGATGGGGT ATTTGAGCACTTGCAACCCTTATCCGGAAGCCCCCTGGCCCACAAAGGCTAGGCGCCAATGCAAGCAGTTCGCATGCAGCCCCTGGAGCGGTGCCCTCCT GATAAACCGGCCAGGGGGCCTATGTTCTTTACTTTTTTACAAGAGAAGTCACTCAACATCTTAAAATGGCCAGgtgagtcgacgagcaagcccggcggat caggcagcgtgcttgcagatttgacttgcaacgcccgcattgtgtcgacgaaggcttttggctcctctgtcgctgtctcaagcagcatctaaccctgcgt cgccgtttccatttgcagGATGGCCACTCCGCCCTCCCCGGTGCTGAAGAATTTCGAAGCATGGACGATGCGTTGCGTGCACTGCGGGGTCGGTATCCCG GTTGTGAGTGGGTTGTTGTGGAGGATGGGGCCTCGGGGGCTGGTGTTTATCGGCTTCGGGGTGGTGGGCGGGAGTTGTTTGTCAAGGTGGCAGCTCTGGG GGCCGGGGTGGGCTTGTTGGGTGAGGCTGAGCGGCTGGTGTGGTTGGCGGAGGTGGGGATTCCCGTACCTCGTGTTGTGGAGGGTGGTGGGGACGAGAGG GTCGCCTGGTTGGTCACCGAAGCGGTTCCGGGGCGTCCGGCCAGTGCGCGGTGGCCGCGGGAGCAGCGGCTGGACGTGGCGGTGGCGCTCGCGGGGCTCG CTCGTTCGCTGCACGCGCTGGACTGGGAGCGGTGTCCGTTCGATCGCAGTCTCGCGGTGACGGTGCCGCAGGCGGCCCGTGCTGTCGCTGAAGGGAGCGT CGACTTGGAGGATCTGGACGAGGAGCGGAAGGGGTGGTCGGGGGAGCGGCTTCTCGCCGAGCTGGAGCGGACTCGGCCTGCGGACGAGGATCTGGCGGTT TGCCACGGTGACCTGTGCCCGGACAACGTGCTGCTCGACCCTCGTACCTGCGAGGTGACCGGGCTGATCGACGTGGGGCGGGTCGGCCGTGCGGACCGGC ACTCCGATCTCGCGCTGGTGCTGCGCGAGCTGGCCCACGAGGAGGACCCGTGGTTCGGGCCGGAGTGTTCCGCGGCGTTCCTGCGGGAGTACGGGCGCGG GTGGGATGGGGCGGTATCGGAGGAAAAGCTGGCGTTTTACCGGCTGTTGGACGAGTTCTTCTGAGGGACCTGATGGTGTTGGTGGCTGGGTAGGGTTGCG TCGCGTGGGTGACAGCACAGTGTGGACGTTGGGATCGATCCCCGCTCCGTGTAAATGGAGGCGCTCGTTGATCTGAGCCTTGCCCCCTGACGAACGGCGG TGGATGGAAGATACTGCTCTCAAGTGCTGAAGCGGTAGCTTAGCTCCCCGTTTCGTGCTGATCAGTCTTTTTCAACACGTAAAAAGCGGAGGAGTTTTGC AATTTTGTTGGTTGTAACGATCCTCCGTTGATTTTGGCCTCTTTCTCCATGGGCGGGCTGGGCGTATTTGAAGCGGGTACC

<参考資料>

  • aphVIIIがパロモマイシン耐性遺伝子としてクラミドモナスに適用できることを示した最初の報告
    Sizova I, Fuhrmann M, Hegemann P.
    A Streptomyces rimosus aphVIII gene coding for a new type phosphotransferase provides stable antibiotic resistance to Chlamydomonas reinhardtii.
    Gene. 2001 Oct 17;277(1-2):221-9.

  • Genbankに登録されているaphVIIIの配列情報
    タンパク質配列
    遺伝子配列