パロモマイシンに耐性を付与するapVIII PCRカセットの情報を記載します。pGenD-MCS-aphベクターをPCRの鋳型として、
aphVIIIカセット領域をフォワードプライマーaph-F1、リバースプライマーaph-R3を用いて増幅しています。

またゲノミックPCRによるapVIII PCRカセットの検出には、全長よりも短い配列断片を検出するために
フォワードプライマーF-562、リバースプライマーR-563を用いて増幅しています。
以下のプライマー配列とベクターの配列をもとに、2種類のPCR産物の長さを推定してください。

＜プライマーの配列＞
aph-F1: GCTTATCGATACCGTCGACCT
aph-R3: AACACCATCAGGTCCCTCAG

F-562: AATTTCGAAGCATGGACGAT
F-563: AACACCATCAGGTCCCTCAG

＜ベクターの配列(3,381 bp, 一部)＞
赤文字: Hsp70AとRbcS2のタンデムプロモーター（ARプロモーター）配列
青文字: RbcS2の5'-UTR
小文字: RbcS2のイントロン配列
下線: イントロン両末端の保存配列（GT-AG則）
黒太文字: aphVIIIのCDS（coding sequence）配列
囲み文字: スタートコドンとストップコドン

GAGCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGCTAGAACTAGTGGATCGATCCCACACACCTGCCCGTCTGCCTGACAGGAAGTGAACGCATGTCGAGGGAGG CCTCACCAATCGTCACACGAGCCCTCGTCAGAAACACGTCTCCGCCACGCTCTCCCTCTCACGGCCGACCCCGCAGCCCTTTTGCCCTTTCCTAGGCCAC CGACAGGACCCAGGCGCTCTCAGCATGCCTCAACAACCCGTACTCGTGCCAGCGGTGCCCTTGTGCTGGTGATCGCTTGGAAGCGCATGCGAAGACGAAG GGGCGGAGCAGGCGGCCTGGCTGTTCGAAGGGCTCGCCGCCAGTTCGGGTGCCTTTCTCCACGCGCGCCTCCACACCTACCGATGCGTGAAGGCAGGCAA ATGCTCATGTTTGCCCGAACTCGGAGTCCTTAAAAAGCCGCTTCTTGTCGTCGTTCCGAGACATGTTAGCAGATCGCAGTGCCACCTTTCCTGACGCGCT CGGCCCCATATTCGGACGCAATTGTCATTTGTAGCACAATTGGAGCAAATCTGGCGAGGCAGTAGGCTTTTAAGTTGCAAGGCGAGAGAGCAAAGTGGGA CGCGGCGTGATTATTGGTATTTACGCGACGGCCCGGCGCGTTAGCGGCCCTTCCCCCAGGCCAGGGACGATTATGTATCAATATTGTTGCGTTCGGGCAC TCGTGCGAGGGCTCCTGCGGGCTGGGGAGGGGGATCTGGGAATTGGAGGTACGACCGAGATGGCTTGCTCGGGGGGAGGTTTCCTCGCCGAGCAAGCCAG GGTTAGGTGTTGCGCTCTTGACTCGTTGTGCATTCTAGGACCCCACTGCTACTCACAACAAGCCCATATGGCCGGCGGATCCAGATCTAGACTCGAGGAA TTCGATATCTAACTGAGTAATTCTGGCAGCAGCTGGACCGCCTGTACCATGGAGAAGAGCTTTACTTGCCGGGATGGCCGATTTCGCTGATTGATACGGG ATCGGAGCTCGGAGGCTTTCGCGCTAGGGGCTAGGCGAAGGGCAGTGGTGACCAGGGTCGGTGTGGGGTCGGCCCACGGTCAATTAGCCACAGGAGGATC AGGGGGAGGTAGGCACGTCGACTTGGTTTGCGACCCCGCAGTTTTGGCGGACGTGCTGTTGTAGATGTTAGCGTGTGCGTGAGCCAGTGGCCAACGTGCC ACACCCATTGAGAAGACCAACCAACTTACTGGCAATATCTGCCAATGCCATACTGCATGTAATGGCCAGGCCATGTGAGAGTTTGCCGTGCCTGCGCGCG CCCCGGGGGCGGGGGGGGGACGGGTGGGGGGTAGGGGGTCTCACGGGAACAGCACGCTAGGGGTCAGGGGGGGGGGGGGGCGCAGTTTAGCTGACCAGCC GTGGGATGATGCACGCATTTGCAAGGACAGGGTAATCACAGCAGCAACATGGTGGGCTTAGGACAGCTGTGGGTCAGTGGACGGACGGCAGGGGAGGGAC GGCGCAGCTCGGGAGACAGGGGGAGACAGCGTGACTGTGCAATCAAGCTTATCGATACCGTCGACCTCGACGCTGAGGCTTGACATGATTGGTGCGTATG TTTGTATGAAGCTACAGGACTGATTTGGCGGGCTATGAGGGCGGGGGAAGCTCTGGAAGGGCCGCGATGGGGCGCGCGGCGTCCAGAAGGCGCCATACGG CCCGCTGGCGGCACCCATCCGGTATAAAAGCCCGCGACCCCGAACGGTGACCTCCACTTTCAGCGACAAACGAGCACTTATACATACGCGACTATTCTGC CGCTATACATAACCACTCAGCTAGCTTAAGATCCCATCAAGCTTGCATGCCGGGCGCGCCAGAAGGAGCGCAGCCAAACCAGGATGATGTTTGATGGGGT ATTTGAGCACTTGCAACCCTTATCCGGAAGCCCCCTGGCCCACAAAGGCTAGGCGCCAATGCAAGCAGTTCGCATGCAGCCCCTGGAGCGGTGCCCTCCT GATAAACCGGCCAGGGGGCCTATGTTCTTTACTTTTTTACAAGAGAAGTCACTCAACATCTTAAAATGGCCAGgtgagtcgacgagcaagcccggcggat caggcagcgtgcttgcagatttgacttgcaacgcccgcattgtgtcgacgaaggcttttggctcctctgtcgctgtctcaagcagcatctaaccctgcgt cgccgtttccatttgcagGATGGCCACTCCGCCCTCCCCGGTGCTGAAGAATTTCGAAGCATGGACGATGCGTTGCGTGCACTGCGGGGTCGGTATCCCG GTTGTGAGTGGGTTGTTGTGGAGGATGGGGCCTCGGGGGCTGGTGTTTATCGGCTTCGGGGTGGTGGGCGGGAGTTGTTTGTCAAGGTGGCAGCTCTGGG GGCCGGGGTGGGCTTGTTGGGTGAGGCTGAGCGGCTGGTGTGGTTGGCGGAGGTGGGGATTCCCGTACCTCGTGTTGTGGAGGGTGGTGGGGACGAGAGG GTCGCCTGGTTGGTCACCGAAGCGGTTCCGGGGCGTCCGGCCAGTGCGCGGTGGCCGCGGGAGCAGCGGCTGGACGTGGCGGTGGCGCTCGCGGGGCTCG CTCGTTCGCTGCACGCGCTGGACTGGGAGCGGTGTCCGTTCGATCGCAGTCTCGCGGTGACGGTGCCGCAGGCGGCCCGTGCTGTCGCTGAAGGGAGCGT CGACTTGGAGGATCTGGACGAGGAGCGGAAGGGGTGGTCGGGGGAGCGGCTTCTCGCCGAGCTGGAGCGGACTCGGCCTGCGGACGAGGATCTGGCGGTT TGCCACGGTGACCTGTGCCCGGACAACGTGCTGCTCGACCCTCGTACCTGCGAGGTGACCGGGCTGATCGACGTGGGGCGGGTCGGCCGTGCGGACCGGC ACTCCGATCTCGCGCTGGTGCTGCGCGAGCTGGCCCACGAGGAGGACCCGTGGTTCGGGCCGGAGTGTTCCGCGGCGTTCCTGCGGGAGTACGGGCGCGG GTGGGATGGGGCGGTATCGGAGGAAAAGCTGGCGTTTTACCGGCTGTTGGACGAGTTCTTCTGAGGGACCTGATGGTGTTGGTGGCTGGGTAGGGTTGCG TCGCGTGGGTGACAGCACAGTGTGGACGTTGGGATCGATCCCCGCTCCGTGTAAATGGAGGCGCTCGTTGATCTGAGCCTTGCCCCCTGACGAACGGCGG TGGATGGAAGATACTGCTCTCAAGTGCTGAAGCGGTAGCTTAGCTCCCCGTTTCGTGCTGATCAGTCTTTTTCAACACGTAAAAAGCGGAGGAGTTTTGC AATTTTGTTGGTTGTAACGATCCTCCGTTGATTTTGGCCTCTTTCTCCATGGGCGGGCTGGGCGTATTTGAAGCGGGTACC

＜参考資料＞